Морфеус, Тринити и Нео возглавляют восстание людей против власти машин. Безжалостные механизмы используют человеческие тела как источник топлива, пока те погружены в программную иллюзию жизни под названием «Матрица». Немногие выжившие, не попавшие под контроль, вынуждены скрываться глубоко под землей в тайном городе Зион. Подземная жизнь обеспечивает лишь временную защиту, ведь бездушные роботы не оставляют попыток уничтожить последний оплот свободного человечества и начинают копать в его направлении тоннель. Единственный, кто способен защитить людей и остановить механических тиранов, – это Нео. Еще недавно он был простым офисным клерком, но теперь он Избранный. Именно ему предначертано осуществить пророчество и избавить мир от гнета машин. Чтобы спасти Зион, отважный борец за свободу должен снова отправиться в Матрицу, где действуют заранее запрограммированные законы, а виртуальные агенты безопасности наделены практически безграничными способностями. С помощью верных друзей ему предстоит еще лучше разобраться в принципах устройства виртуального мира и своей роли нем. Но судьба в лице Архитектора намерена поставить перед Избранным невыносимо сложный выбор.